(Escherichia_coli._1,(((((((((((((((((((((((Methanococcus_jannaschii._2,Methanococcus_vannielli._3),(Methanobacterium_thermoautotrophicum._4,(Thermoplasma_acidophilum._12,(Cenarchaeum_symbiosum_30,((((((((((Dictyostelium_discoideum_306,Naegleria_gruberi._340),((((Entamoeba_histolytica._315,(((((Ammonia_tepida._335,Rosalina_vilardeboana._336),Trochammina_sp._339),Rotaliella_elatiana._338),Glabratella_mediterranensis._337),Strongyloides_fulleborni._674)),Alexandrium_minutum._381),(((((((Drosophila_bromeliae._629,(Drosophila_camargoi._630,Drosophila_hydei._633)),((Drosophila_rubida._631,Drosophila_guaramunu._660),Drosophila_falleni._632)),(Drosophila_eugracilis._635,(Unknown._D.teissieri._637,Drosophila_mimetica._638))),Drosophila_andalousiaca._639),Drosophila_malerkotliana._634),(Drosophila_deflexa._640,Drosophila_lebanonensis._641)),Glossina_morsitans._642)),(Gromia_oviformis._332,(((Plasmodium_falciparum._367,Plasmodium_vivax_370),Plasmodium_lophurae._369),Plasmodium_falciparum_368)))),((Paramecium_primaurelia._374,(Tetrahymena_pyriformis._375,Tetrahymena_thermophila._376)),Stentor_coeruleus._377)),((Acanthamoeba_castellanii._359,((((Eimeria_tenella._360,(Isospora_felis._361,(Neospora_caninum._362,((Sarcocystis_capracanis._363,(Sarcocystis_gigantea._364,Sarcocystis_moulei._365)),Sarcocystis_muris._366)))),(Babesia_bigemina._371,(Theileria_parva._372,Theileria_taurotragi._373))),((((((((Gonyaulax_polyedra._378,Prorocentrum_lima._389),((Alexandrium_catenella._379,Alexandrium_lusitanicum._380),(Fragilidium_subglobosum._382,Noctiluca_scintillans._386))),(Gymnodinium_catenatum._384,Gymnodinium_sp._385)),(Cachonina_hallii._387,Heterocapsa_pygmea._388)),Prorocentrum_micans._390),Prorocentrum_triestinum._392),Prorocentrum_minimu._391),Cochlodinium_polykrikoides._383)),((((Baylisascaris_procyonis._670,Parascaris_equorum._671),Toxocara_canis._672),(Hyphochytrium_catenoides._783,Phytophthora_megasperma._784)),(((Skeletonema_pseudocostatum._778,Stephanodiscus_niagarae._779),(Ochromonas_danica._781,Nannochloropsis_salina._782)),(Scytosiphon_lomentaria._785,Tribonema_aequale._786))))),((((((((Malassezia_furfur._393,Malassezia_pachydermatis._578),((Doassansia_hygrophilae._575,Doassinga_callitrichis._576),Rhamphospora_nymphaeae._577)),Calocera_viscosa._572),((((((((Strophariaceae_sp._435,((((((((Agaricus_pocillator._438,Podaxis_pistillaris._522),((Agrocybe_praecox._462,((Conocybe_rickenii._464,Stropharia_rugosoannulata._528),(Panaeolina_foenisecii._510,(Anellaria_semiovatus._526,Panaeolus_acuminatus._527)))),(((Coprinus_cordisporus._476,Lacrymaria_velutina._509),(Psathyrella_candolleana._511,Psathyrella_delineata._512)),Psathyrella_gracilis._513))),(Amanita_citrina._461,Russula_virescens._525)),(((Leucocoprinus_birnbaumii._441,Leucocoprinus_fragilissimus._442),((Coprinus_comatus._474,Coprinus_sterquilinus._504),Montagnea_arenaria._521)),Bolbitius_vitellinus._463)),(((((((((Coprinus_acuminatus._465,Coprinus_atramentarius._468),((Coprinus_lagopides._488,Coprinus_lagopus._489),(Coprinus_luteocephalus._491,Coprinus_xenobius._508))),((Coprinus_americanus._466,(Coprinus_cinereus._473,Coprinus_sclerotiger._501)),((Coprinus_narcoticus._495,Coprinus_semitalis._502),Coprinus_trisporus._505))),(Coprinus_bilanatus._470,(Coprinus_pseudoochraceovelatus._498,Lobe_finned_fish_605))),(((((Coprinus_cothurnatus._477,Coprinus_latisporus._490),Coprinus_dictyocalyptratus._479),Coprinus_sp._503),Coprinus_macrocephalus._492),Coprinus_phlyctidosporus._497)),Coprinus_radiatus._500),Coprinus_utrifer._506),(Coprinus_auricomus._469,(Coprinus_megaspermus._493,Coprinus_nudiceps._496))),((Coprinus_aokii._467,(((Coprinus_bisporus._471,Coprinus_congregatus._475),Coprinus_callinus._472),Coprinus_heterosetulosus._486)),((Coprinus_curtus._478,Coprinus_flocculosus._482),((((Coprinus_disseminatus._480,Coprinus_radians._499),(Coprinus_domesticus._481,Coprinus_micaceus._494)),Coprinus_xanthothrix._507),Coprinus_heptemerus._485))))),Omphalotus_olearius._520),Weraroa_virescens._529),((((Coprinus_friesii._483,Coprinus_gonophyllus._484),Coprinus_kimurae._487),((Chroogomphus_vinicolor._516,(Gomphidius_glutinosus._517,(Paragyrodon_sphaerosporus._566,Rhizopogon_subcaerulescens._570))),Paxillus_atrotomentosus._568)),Ripartites_metrodii._541))),((Hygrocybe_citrinopallida._518,((Chrysomphalina_chrysophylla._530,Omphalina_grossula._538),Clitocybe_lateritia._531)),((Omphalina_epichysium._537,Phaeotellus_griseopallidus._539),Tricholoma_matsutake._542))),(Gerronema_strombodes._534,Gerronema_subclavatum._535)),((Gerronema_marchantiae._533,Rickenella_mellea._540),Multiclavula_vernalis._545)),((((((((((Agaricus_arvensis._436,Agaricus_bisporus._437),Macrolepiota_rachodes._444),Chlorophyllum_molybdites._439),((Cortinarius_stuntzii._514,Hebeloma_crustuliniforme._515),((Crinipellis_campanella._532,(Apterostigma_collare_543,Apterostigma_sp._544)),Boletus_retipes._562))),((Leucocoprinus_luteus._443,Atta_Mexicana_446),((((Cyphomyrmex_faunulus_447,Myrmicocrypta_buenzlii_455),Mycetarotes_senticosus_451),Mycetophylax_conformis_452),((((Cyphomyrmex_minutus_448,Cyphomyrmex_rimosus_449),Mycocepurus_smithii_454),Mycetosoritis_hartmanii_453),Mycetarotes_parallelus_450)))),(Atta_cephalotes_445,((((Sericomyrmex_bondari_456,Trachymyrmex_diversus_457),Trachymyrmex_septentrionalis_459),Trachymyrmex_wheeleri_460),Trachymyrmex_opulentus_458))),Leucoagaricus_naucinus._440),(Marasmius_delectans._536,((Pleurotus_cornucopiae._551,Pleurotus_djamor._553),(Pleurotus_cystidiosus_552,((Pleurotus_dryinus_554,(((((Pleurotus_eryngii_555,Pleurotus_fossulatus._556),Pleurotus_ostreatus._557),Pleurotus_populinus_558),Pleurotus_pulmonarius._559),Pleurotus_pulmonarius_560)),Pleurotus_smithii._561))))),(Lactarius_corrugis._523,Russula_mairei._524)),(Ganoderma_australe._546,(((Ganoderma_boninense._547,Ganoderma_lucidum._548),Ganoderma_microsporum._549),Ganoderma_tsugae._550)))),Lampteromyces_japonicus._519),((((Boletus_satanas._563,Xerocomus_chrysenteron._571),(Suillus_cavipes._564,Suillus_sinuspaulianus._565)),Hygrophoropsis_aurantiaca._567),Tapinella_atrotomentosa._569)),(Cryptococcus_neoformans_573,Tremella_mesenterica._574))),(Aspergillus_nidulans._394,((Pneumocystis_carinii._395,Schizosaccharomyces_pombe._396),(((((((Aspergillus_anthodesmis._398,Aspergillus_sparsus._402),((Ctenomyces_serratus._411,(Gymnascella_citrina._412,Amauroascus_albicans._414)),Spiromastix_warcupii._415)),(((Aspergillus_flavus._399,Aspergillus_parasiticus._401),((((Penicillium_aurantiogriseum._403,(Penicillium_cyclopium._405,Penicillium_viridicatum._410)),Penicillium_verrucosum._409),Penicillium_expansum._406),Penicillium_chrysogenum._404)),(Aspergillus_nomius._400,(Penicillium_pimiteouiense._407,Penicillium_striatisporum._408)))),Byssoascus_striatosporus._413),(Candida_restingae._424,Kodamaea_anthophila._427)),((Arxula_adeninivorans._423,(Metschnikowia_continentalis_426,Saccharomycopsis_fibuligera._434)),(Eremothecium_coryli._425,(Pichia_fermentans._428,((Saccharomyces_cerevisiae._431,Saccharomyces_cerevisiae_432),Saccharomyces_pastorianus_433))))),((((Calonectria_morganii._416,Fusarium_oxysporum._417),(Glomerella_cingulata._419,(Colletotrichum_capsici._420,Colletotrichum_truncatum._421))),Neurospora_crassa._422),(Pichia_membranifaciens._429,Pichia_sp._430)))))),(Sclerotinia_trifoliorum._397,Gaeumannomyces_graminis_418)),((Blastocladiella_emersonii._579,Entomophaga_aulicae._580),Rhizomucor_racemosus._581)),((((((Eunicella_stricta._676,Leukartiara_octona._677),Spongosorites_genitrix._685),Beroe_ovata._678),Trichoplax_adhaerens._679),(Trebouxia_usneae._704,((Coleochaete_scutata._705,Funaria_hygrometrica._706),(Psilotum_nudum._707,(((Pinus_taeda._708,Ephedra_distachya._709),Gnetum_gnemon_710),(((((((((((((((Sabal_minor._711,Macadamia_ternifolia._733),((((Tripsacum_dactyloides._714,(Zea_mays._715,Mimosa_speggazzinii._756)),((Curtisia_dentata._725,Byblis_liniflora._726),Ceratonia_siliqua._753)),Acacia_fimbriata._755),Hedera_helix._722)),((Clematis_rehderiana._742,Schotia_brachypetala._754),(Castenospermum_australe._757,((Indigofera_gerardiana._758,Wisteria_sinensis._763),Platylobium_obtusangulum._760)))),(Cornus_florida._724,((Cucurbita_maxima._752,(Medicago_sativa._759,Vicia_sativa_762)),Parnassia_fimbriata_772))),Vicia_faba._761),(Citrus_limon_766,Citrus_limon._767)),Eucryphia_lucida_764),(Hamamelis_virginiana_768,(Jepsonia_parryi_769,((Lithophragma_trifoliatum_770,(Mitella_pentandra_771,Tellima_grandiflora_775)),(Peltoboykinia_tellimoides_773,Saxifraga_mertensiana_774))))),((Tragopogon_dubius_723,((Lycopersicon_esculentum._727,Lycopersicon_esculentum_728),Solanum_tuberosum._776)),Fragaria_x_765)),Plumbago_auriculata._732),((Arabidopsis_thaliana._748,(Brassica_napus_749,Sinapis_alba_751)),Eruca_sativa._750)),((((Nuphar_pumila._717,Sarcodes_sanguinea._729),(Silene_fruticosa._730,Vaccaria_hispanica._731)),((((((Papaver_rhoeas._734,Menispermum_canadense._738),Circaeaster_agrestis._737),(((Clematis_apiifolia._741,Ranunculus_enysii._746),Coptis_trifolia._743),(Glaucidium_palmatum._744,Hydrastis_canadensis._745))),Pteridophyllum_racemosum._740),((Berberis_dictyophylla._735,Bongardia_chrysogonum._736),Podophyllum_peltatum._739)),Trochodendron_aralioides._747)),Daucus_carota._721)),(Houttuynia_cordata._718,(Drimys_winteri_719,Drimys_winteri._720))),(Oryza_sativa_712,Secale_cereale_713)),Ceratophyllum_demersum._716)))))),(Cyanoptyche_gloeocystis_686,Glaucocystis_nostochinearum._687))))),(((Dugesia_Girardia_311,((Araeosoma_ijimai._626,Asthenosoma_owstoni._627),Encope_aberrans._628)),((((Drosophila_melanogaster._636,(((Culicoides_punctatus._643,Dasyhelea_saxicola._644),((Camptochironomus_sp._645,Chironomus_tentans._646),Chironomus_thummi._647)),Paradixa_sp._657)),((Chaoborus_crystallinus._650,((Anopheles_maculipennis._652,Anopheles_albimanus._653),(Aedes_albopictus._654,(Aedes_sp._655,Culex_pipiens._656)))),Corethrella_sp._651)),(Simulium_sp._648,Androprosopa_larvata._649)),Aphidius_ervi._659)),(((Heterobilharzia_americana._582,(((Schistosoma_haematobium._583,Schistosoma_spindale._586),Schistosoma_mansoni._585),Schistosoma_japonicum._584)),(Ascaris_lumbricoides._669,(Caenorhabditis_elegans_673,Brugia_pahangi._675))),(((Branchiostoma_floridae._594,(Petromyzon_marinus._597,((Squalus_acanthias._598,Hydrolagus_colliei._599),(Acipenser_brevirostrum._600,((((((Anguilla_rostrata._601,Oncorhynchus_mykiss._603),Pleurodeles_waltlii._625),Misgurnus_fossilis._602),Salvelinus_namaycush._604),((((((Gorilla_gorilla._610,((Homo_sapiens_611,Pan_troglodytes._614),Pan_troglodytes_613)),Pongo_pygmaeus._615),Homo_sapiens._612),(Mus_musculus_616,Rattus_norvegicus_617)),Gallus_gallus._618),(((Scaphiopus_multiplicatus._619,Hymenochirus_curtipus._620),Silurana_tropicalis._621),(Xenopus_borealis._622,(Xenopus_laevis_623,Xenopus_laevis._624))))),(Latimeria_chalumnae._606,(Neoceratodus_forsteri._607,(Lepidosiren_paradoxa._608,Protopterus_aethiopicus._609)))))))),Herdmania_momus._595),(Crassostrea_belcheri._661,Saccostrea_cuccullata._668))))),(((((Capreolia_implexa._688,Gelidium_caulacantheum._691),(((((((Gelidium_americanum._690,Gelidium_latifolium._693),Onikusa_pristoides._698),Gelidium_sesquipedale._696),(Gelidium_floridanum._692,Gelidium_serrulatum._695)),Gelidium_pusillum._694),Gelidium_sp._697),(Ptilophora_pinnatifida._702,Ptilophora_subcostata._703))),Gelidiella_acerosa._689),Pterocladia_lucida._699),(Pterocladiella_melanoidea._700,Pterocladiella_capillacea._701))),(((((((((((Crithidia_fasciculata._316,(Endotrypanum_monterogei._319,Leishmania_donovani._320)),Leptomonas.sp._REFERENCE_318),((Bodo_caudatus._324,Trypanoplasma_borreli._325),Trypanosoma_rotatorium._331)),Phytomonas_sp._321),Blastocrithidia_culicis._322),Trypanosoma_cruzi._328),Trypanosoma_brucei._329),Trypanosoma_congolense._326),Trypanosoma_simiae._327),Trypanosoma_vivax._317),Euglena_gracilis._323)),(Didymium_iridis._353,(Physarum_flavicomum._354,(Physarum_polycephalum_355,Physarum_polycephalum._356)))),(((Giardia_ardeae._307,Giardia_intestinalis._308),Giardia_muris._310),((Hexamita_sp._312,Hexamita_inflata._313),Trepomonas_agilis._314))),(((((((Giardia_intestinalis.3._309,Nosema_locustae._345),((Polystomoides_renschii._593,Cylindrotheca_closterium._777),((((Axinella_damicornis._680,Halichondria_panicea._681),Cliona_viridis._683),Discodermia_polydiscus._682),Cinachyrella_cf._684))),(((((((((Ammonia_beccarii._333,Ammonia_parkinsoniana._334),Amblyospora_sp._347),Nosema_heliothidis._344),Thalassiosira_pseudonana._780),(((Neopolystoma_chelodinae._588,Neopolystoma_spratti._589),Polystomoides_asiaticus._590),(Polystomoides_australiensis._591,Polystomoides_malayi._592))),Bivagina_pagrosomi._587),Vespa_crabro._658),Polycarpa_pomaria._596),((((Crassostrea_gigas._662,(Crassostrea_virginica._665,Saccostrea_commercialis._667)),Crassostrea_rhizophorae._663),Ostrea_edulis._666),Crassostrea_rivularis._664))),Trypanosoma_avium._330),Tritrichomonas_foetus._358),Trichomonas_vaginalis._357),(Enterocytozoon_bieneusi._341,(((Nosema_apis._342,(((Vairimorpha_ephistiae._348,Vairimorpha_necatrix._350),Vairimorpha_lymantriae._349),Microsporidium_57864._352)),Nosema_distriae._343),((Encephalitozoon_cuniculi._346,Septata_intestinalis._787),Ameson_michaelis._351))))))))),((Thermococcus_celer._14,(Pyrococcus_furiosus._15,Pyrococcus_horikoshii_16)),(((Pyrobaculum_islandicum._17,Thermoproteus_tenax._18),Thermofilum_pendens._29),(((Pyrodictium_occultum._19,(Staphylothermus_marinus._21,Desulfurococcus_mobilis._22)),Aeropyrum_pernix._20),(((Sulfolobus_shibatae._23,Sulfolobus_solfataricus._24),(Sulfolobus_acidocaldarius._25,Stygiolobus_azoricus._26)),(Acidianus_infernus._27,Acidianus_brierleyi._28)))))),((Methanospirillum_hungatei._5,((Halobacterium_halobium._6,((Natrialba_magadii._8,(Halobacterium_marismortui._10,Haloarcula_marismortui._11)),Halococcus_morrhuae._9)),Halobacterium_volcanii._7)),Archaeoglobus_fulgidus._13)),(Aquifex_aeolicus._123,Aquifex_pyrophilus._124)),(Fervidobacterium_islandicum._125,Thermotoga_maritima._126)),(Thermus_aquaticus._127,Thermus_thermophilus._128)),Dictyoglomus_thermophilum._254),(Microbispora_bispora._188,(Frankia_sp._232,((((((Streptomyces_galbus._233,Streptomyces_mashuensis._237),((Streptomyces_coelicolor._238,Streptomyces_lividans_240),Streptomyces_ambofaciens._239)),Streptomyces_griseus._234),Amycolatopsis_orientalis._235),Streptomyces_rimosus._236),((Micrococcus_luteus._241,Propionibacterium_freudenreichii._243),(Actinoplanes_utahensis._242,((((Mycobacterium_avium._244,Mycobacterium_paratuberculosis._251),(((Mycobacterium_kansas._245,Mycobacterium_gastri._246),Mycobacterium_tuberculosis._248),Mycobacterium_leprae._247)),(Mycobacterium_smegmatis._249,Mycobacterium_phlei._250)),(Rhodococcus_erythropolis._252,Rhodococcus_fascians._253)))))))),Fibrobacter_succinogenes._145),(((((((((((((((((((Astasia_longa_31,((Toxoplasma_gondii.plastid._32,Toxoplasma_gondii._33),plastid.like_Plasmodium_34)),Chlorarachnion_CCMP621._36),(Chloroplast_Nanochlorum_45,(Chloroplast_Prototheca_46,Prototheca_wickerhamii._47))),(Chloroplast_Pseudendoclonium_101,Chloroplast_Chamaetrichon_118)),(Pedinomonas_minor._86,Chloroplast_Pedinomonas_87)),((Uronema_belkae._35,Chloroplast_Stigeoclonium_42),(((((((((Chlorococcum_echinazygotum._48,(Chlamydomonas_moewusii._62,Chlamydomonas_indica._68)),Chlamydomonas_pitschmanni._77),((Chlamydomonas_geitlerii._64,Chlamydomonas_sp._94),Chlamydomonas_pseudopertusa._78)),Chlamydomonas_monadina._72),(((Chlamydomonas_agloeformis._58,Stephanosphaera_pluvialis._REFERENCE_85),((Dunaliella_parva._83,Heamatococcus_lacustris._120),Chlorogonium_elongatum._84)),(Chlamydomonas_applanata._59,Chlamydomonas_humicola._67))),((Chlamydomonas_mutabilis._73,Chlamydomonas_radiata._79),Chlamydomonas_nivalis._74)),(((((Carteria_species_UTEX762._REFERENCE_60,Chlamydomonas_zebra._82),((Chlamydomonas_callosa._61,Chlamydomonas_reinhardtii._80),((Chlamydomonas_iyengarii._69,Chlamydomonas_starrii._81),Chlamydomonas_komma._70))),Chlamydomonas_gelatinosa._65),(Chlamydomonas_mexicana._71,Chlamydomonas_peterfii._76)),((Chlamydomonas_frankii._63,Chlamy._pallidostigmatica._75),Chlamydomonas_gigantea._66))),((Carteria_crucifera._54,Carteria_olivieri._REFERENCE_56),(Carteria_luzensis._55,Carteria_radiosa._57))),(((Chloroplast_Neochloris_49,Chloroplast_Pediastrum_50),Scenedesmus_obliquus._51),Ankistrodesmus_stipitatus._52)))),((((Chlorella_ellipsoidea._43,Chloroplast_Chlorella_44),(Chloroplast_Friedmannia_97,Trebouxia_aggregata._99)),((Chloroplast_Microthamnion_98,Chloroplast_Gloeotilopsis_sterilis._100),Chloroplast_Chlorosarcina_119)),(Pleurastrum_terrestre._53,(Chloroplast_Scherffelia_89,Tetraselmis_carteriiformis._90)))),(((Nephroselmis_olivacea._88,Chloroplast_Pseudoscourfieldia_102),(Chloroplast_Mesostigma_92,(Chloroplast_Klebsormidium_103,(Chloroplast_Cosmarium_botrytis._104,(chloroplast_liverwort._105,(Chloroplast_Pinus_106,((Chloroplast_Oryza_107,Zea_mays_108),((((Chloroplast_Conopholis_109,Epifagus_virginiana_110),(chloroplast_tobacco._111,(Chloroplast_Nicotiana_112,tabacco_chloroplast_113))),Chloroplast_Alnus_115),Chloroplast_Pisum_114)))))))),Chloroplast_Pyramimonas_91)),Chloroplast_Scourfeldia_122),((Micromonas_pusilla._93,Chloroplast_Pycnococcus_95),(Pterosperma_cristatum_96,Chloroplast_Monomastix_121))),((Chloroplast_Guillardia_37,((Chloroplast_Porphyra_39,Chloroplast_Palmaria_41),(Chloroplast_Cyanidium_40,(Chloroplast_Odontella_116,Pilayella_littoralis._117)))),Cyanophora_paradoxa._38)),(Synechococcus_PCC6301._143,Synechocystis_PCC6803._144)),((Mycoplasma_capricolum._297,(Mycoplasma_flocculare._301,Mycoplasma_hyopneumoniae._302)),((Mycoplasma_genitalium._298,Mycoplasma_pneumoniae._299),Mycoplasma_gallisepticum._300))),(Erysipelothrix_tonsillarum._295,Erysipelothrix_rhusiopathiae._296)),(((((((Bacillus_sp._258,Bacillus_stearothermophilus._260),Bacillus_alcalophilus._259),(Bacillus_licheniformis._261,(Bacillis_subtilis._271,Bacillus_subtilis._272))),((Bacillus_anthracis._267,Bacillus_cereus._268),Bacillus_thuringiensis._269)),((((Bacillus_globisporus._270,Listeria_monocytogenes._273),(Listeria_innocua._274,Listeria_welshimeri._275)),(Listeria_seeligeri._276,Listeria_ivanovii._277)),(Listeria_grayi._278,Listeria_murrayi._279))),((Staphylococcus_epidermidis._262,Staphylococcus_aureus._263),((Staphylococcus_carnosus._264,Staphylococcus_condimenti._266),Staphylococcus_piscifermentans._265))),(((((Weissella_confusa._280,Weissella_paramesenteroides._281),(Oenococcus_oeni._282,((Leuconostoc_mesenteroides._283,Leuconostoc_carnosum._285),(Leuconostoc_mesenteroides_284,Leuconostoc_lactis._286)))),Lactobacillus_delbrueckii._287),Enterococcus_faecalis._288),(Lactococcus_lactis._289,((((Streptococcus_uberis._290,Streptococcus_parauberis._293),Streptococcus_macedonicus._294),Streptococcus_thermophilus._291),Streptococcus_oralis._292))))),((Pectinatus_frisingensis._255,(Peptococcus_niger._256,Heliobacterium_chlorum._257)),(Clostridium_histolyticum._303,(Clostridium_botulinum._304,Clostridium_tyrobutyricum._305)))),(((Myroides_odoratus._129,Flexibacter_flexilis._130),Chlorobium_limicola._131),Pirellula_marina._142)),((((((Chlamydia_pneumoniae._132,Chlamydia_pecorum._137),(Chlamydia_psittaci_138,Chlamydia_psittaci._139)),((Chlamydia_trachomatis._133,Chlamydia_trachomatis_134),Chlamydia_trachomatis_135)),(Chlamydia_sp._136,(Simkania_ZV1._140,Simkania_sp._141))),((Helicobacter_pylori._213,Wolinella_succinogenes._214),(((((Arcobacter_cryaerophilus._215,Campylobacter_mucosalis._229),Arcobacter_skirrowi._216),Arcobacter_butzleri._217),Arcobacter_nitrofigilis._218),((((((((Campylobacter_sp._219,(Campylobacter_hyoilei._220,(Campylobacter_jejuni._221,Campylobacter_jejuni_222))),Campylobacter_lari._223),Campylobacter_coli._225),Campylobacter_upsaliensis._224),Campylobacter_sputorum_231),(Campylobacter_fetus._227,Campylobacter_fetu._228)),Campylobacter_hyointestinali._226),Campylobacter_concisus._230)))),(((Brachyspira_hyodysenteriae._146,Brachyspira_innocens._147),Brachyspira_pilosicoli._148),(Treponema_pallidum._149,Borrelia_burgdorferi._150)))),(Leptospira_borgpetersenii._151,Leptospira_interrogans_152))),(Nannocystis_exedens._211,Stigmatella_aurantiaca._212)),(((Rhodospirillum_rubrum._153,((Acetobacter_xylinus._154,Acetobacter_europaeus._156),Acetobacter_intermedius._155)),((((Paracoccus_denitrificans._161,Rhodobacter_capsulatus._162),Rhodobacter_sphaeroides._163),(Brevundimonas_diminuta._165,Xanthomonas_fragariae._186)),((Rhodopseudomonas_palustris._166,(Bradyrhizobium_lupini._167,Bradyrhizobium_japonicum._168)),(((Agrobacterium_tumefaciens._169,Agrobacterium_vitis._170),Zoogloea_ramigera._172),Bartonella_bacilliformis._171)))),((((Rickettsia_rickettsii._157,Rickettsia_prowazekii._159),Rickettsia_bellii._158),Wolbachia_pipientis._160),Zymomonas_mobilis._164))),(((Neisseria_meningitidis._173,Neisseria_gonorrhoeae._174),((((Ralstonia_pickettii._175,Ralstonia_solanacearum._176),((Burkholderia_mallei._177,Burkholderia_pseudomallei._178),(Burkholderia_gladioli._179,Pseudomonas_cepacia._195))),(Alcaligenes_faecalis._180,(Bordetella_avium._181,(Bordetella_bronchiseptica._182,(Bordetella_parapertussis._183,Bordetella_pertussis._184))))),Thiomonas_cuprina._187)),(Thiobacillus_ferrooxidans._185,Leucothrix_mucor._189))),Coxiella_burnetii._190),(Acinetobacter_calcoaceticus._191,((Pseudomonas_stutzeri._192,Pseudomonas_perfectomarina._194),Pseudomonas_aeruginosa._193))),((Vibrio_vulnificus._196,Vibrio_cholerae._197),Aeromonas_hydrophila._199)),(Ruminobacter_amylophilus._198,(Haemophilus_influenzae._209,Actinobacillus_actinomycetemcomitans._210))),Plesiomonas_shigelloides._208),Buchnera_aphidicola._200),Yersinia_enterocolitica._207),Citrobacter_freundii._205),Klebsiella_pneumoniae._206),((Salmonella_typhi._201,(Salmonella_enterica._202,Salmonella_enterica_203)),Salmonella_bongori_204));